Il ruolo del sistema di controllo elettronico è quello di garantire che il sistema di alimentazione dell'idrogeno, il sistema di alimentazione dell'aria e il sistema di gestione dell'acqua e del calore possano funzionare in modo coordinato ed efficiente, in modo che possano esercitare le loro prestazioni ottimali.
È composto principalmente da vari sensori, flussimetri, componenti di valvole, logica di controllo, ecc.
